โชกุนติดตามการปะทะกันของชายผู้ทะเยอทะยาน 2 คนจาก 2 โลกที่แตกต่างกันและซามูไรสาวลึกลับ จอห์น แบล็คธอร์น กะลาสีเรือชาวอังกฤษผู้กล้าเสี่ยงซึ่งลงเอยด้วยเรืออับปางที่ญี่ปุ่น; ลอร์ดโทรานางะ ไดเมียวผู้ชาญฉลาดและทรงพลัง; และท่านหญิงมาริโกะ ผู้หญิงที่มีทักษะอันล้ำค่าที่ต้องพิสูจน์คุณค่าและความจงรักภักดีของเธอ[1][2]

โชกุนของคลาเวลล์เป็นเวอร์ชันสมมติของเหตุการณ์และประวัติศาสตร์จริง ตัวละครของแบล็คธอร์นมีพื้นฐานมาจากวิลเลียม แอดัมส์[3][4] นักเดินเรือชาวอังกฤษ ซึ่งกลายเป็นซามูไรภายใต้โทกูงาวะ อิเอยาซุ ไดเมียวผู้มีอำนาจที่แข็งแกร่งที่สุด และต่อมาเป็นผู้ก่อตั้งและโชกุนคนแรกของรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ ซึ่งมีชีวิตอยู่ระหว่างปี 1543 ถึง 1616 และตัวละครของโชกุน โยชิอิ โทรานางะ มีเค้าโครงจากโทกูงาวะ อิเอยาซุ[5][6]